En mars 2002, Louis Lavigueur devient directeur artistique et chef de l’Ensemble vocal Polymnie de Longueuil. En 2003, il prend la direction du Chœur polyphonique de Montréal, rattaché à la cathédrale Marie-Reine-du-Monde. Depuis 2008, il assume la direction du Chœur classique de Montréal.

À titre de professeur, il a été chef de l'Orchestre symphonique, de l'Orchestre à cordes et du Chœur du Conservatoire de musique de Montréal, de 1981 à 2016, où il a été également professeur de direction d'orchestre et de chœur. Il a été professeur invité aux Facultés de musique de l'Université de Montréal, Laval et à celle de l'Université McGill à titre de chef d'orchestre et chef de chœur. Pendant 24 ans, il a dirigé les sept orchestres et chœurs de l'École secondaire Pierre-Laporte et, de 1990 à 2003, l'Orchestre de chambre de Hull (devenue Gatineau).

Louis Lavigueur agit activement comme consultant spécialiste-conseil, juge et conférencier. À titre de chef invité, il a dirigé maints orchestres et chœurs au Canada, en Suisse, en France, en République tchèque et en Roumanie.

Nommé « Personnalité de la semaine » La Presse-Radio-Canada du Québec en mars 2011, Louis Lavigueur recevait, en juin de la même année, le titre et la décoration de « Chevalier de l'Ordre national du Québec », la plus prestigieuse des distinctions honorifiques du Québec, décernée annuellement à des femmes et à des hommes d'exception qui se sont illustrés dans l'une ou l'autre des sphères d'activité de la société québécoise.

En mai 2016, il a été nommé Grand Diplômé de l'Université Laval et a reçu la médaille Gloire de l'Escolle, honneur qui souligne le mérite exceptionnel de diplômés qui se sont brillamment illustrés au cours de leur carrière et qui, par leurs activités professionnelles et leur contribution à la société, ont fait honneur à l'Université Laval et à leur profession en étant des modèles pour les futurs diplômés.